Forum tersebut juga menyampaikan sejumlah kritik terhadap kepemimpinan Rektor UIN Sunan Ampel Surabaya. Mereka menilai kepemimpinan rektor tidak partisipatif dan tidak transparan serta mempersoalkan sejumlah sikap dan kebijakan pimpinan universitas.
Selain itu, forum menyampaikan dugaan pungutan liar yang disebut dilakukan Rektor UINSA Surabaya dalam kapasitasnya sebagai ex-officio Koordinator Kopertais IV Surabaya terhadap dosen-dosen perguruan tinggi keagamaan Islam swasta yang mengikuti sertifikasi periode 2024-2025.
Dalam catatan aspirasi yang disampaikan kepada Komisi VIII, persoalan tersebut disebut telah dilaporkan kepada Kejaksaan Tinggi Jawa Timur.
Forum juga menyoroti hubungan antara Rektor UINSA dengan alumni. Mereka menyampaikan bahwa alumni tidak mendapatkan kantor di lingkungan UINSA Surabaya.
Persoalan lainnya berkaitan dengan proses pemilihan Rektor UINSA Surabaya. Forum mempertanyakan terpilihnya Profesor Akhmad Muzakki yang disebut bukan berasal dari tiga calon rektor hasil tim seleksi yang dibentuk Menteri Agama.










